Software yang lebih oke OnePlus sejauh ini sudah memakai dua sistem operasi custom, yakni Cyanogen dan Oxygen OS. Sumber yang dikutip redaksi sebelumnya sempat mengulas tentang Oxygen OS. Jika dibandingkan dengan Cyanogen, OS tersebut masih memiliki banyak bug. Mungkin, OnePlus 3 layak disebut ponsel flagship dari segi spesifikasi di atas kertas. Akan tetapi kalau tak ada pemolesan OS yang lebih baik, rasanya titel itu bakal sia-sia.