Software dan fitur Gawai ini masih berjalan dengan sistem operasi Android 7.0 Nougat. Tidak diketahui alasan Meizu masih menggunakan sistem operasi tersebut. Padahal ponsel bersistem operasi Android 8.0 Oreo sudah marak belakangan. Meizu juga belum memberikan informasi apakah M6 dapat diupgrade ke Android 8.0 Oreo. Tak banyak fitur dan software bawaan yang diusung Meizu M6. Meizu menanamkan software security untuk mengoptimalkan kinerja M6. Software bawaan ini bekerja layaknya software Android Utility. Cleaner, Data, Blocklist, Antivirus, Baterai Manager dan Permissions menjadi fitur utama dalam software security ini. Semua junk file atau cache yang menempel dan tidak diperlukan dapat dibersihkan dengan fitur cleaner. Mendeteksi apakah ponsel Anda terinfeksi virus dapat diatasi dengan menu Antivirus. Permission mampu melindungi data dan aplikasi yang Anda ingin private ataupun publish. Sedangkan Baterai Manager memungkinkan Anda untuk mengetahui kondisi baterai bahkan menghemat daya baterai. Sensor fingerprint disisipi di ponsel ini sebagai fitur keamanan. Ketika kami mendaftarkan sidik jari, prosesnya terbilang cepat dan mudah. Untuk membuka kunci Meizu M6, Anda harus menekan dan menahan tombol home. Berbeda dengan sensor fingerprint pada ponsel umumnya yang cukup menempelkan jari Anda, maka seketika ponsel akan terbuka. Kami rasa sensor sidik jarinya kurang responsif. Waktu yang dibutuhkan untuk membuka ponsel ini menggunakan sensor sidik jari tidak terlalu cepat. Sekitar 1 detik. Disertai pula fitur Migration Tool untuk transfer data dari Meizu M6 ke ponsel lain.