Aplikasi dan Antarmuka Aplikasi bawaan yang terpasang pada Samsung Galaxy S9 sebenarnya tak jauh berbeda dengan pendahulunya, seperti Samsung Connect, Samsung Health, Galaxy Apps, S Lime, Smart Tutor, mySamsung, Samsung Gear, Secure Folder, dan Samsung Notes. Tak ketinggalan, Samsung juga menyematkan Bixby pada smartphone yang satu ini. Layaknya Google Assistant, Bixby dapat melakukan analisa data yang didapatkan dari kebiasaan penggunanya, seperti dari apa yang diketik, disentuh, maupun aplikasi apa yang biasa dibuka sehari-hari. Dari analisa yang dilakukannya itu, Bixby bisa memberikan rekomendasi konten yang menarik bagi penggunanya dan juga mengingatkan sejumlah kejadian penting secara personal. Berkat menggunakan layar lengkung, Samsung juga menyertakan sebuah fitur bernama Edge panel. Seperti yang ada pada lini smartphone Samsung seri edge sebelumnya, fitur ini memungkinkan pengguna untuk mengakses sejumlah aplikasi, informasi, kontak, dan lain-lain dengan cara menggulirkan jemari dari ujung layar sebelah kanan. Selain bisa digunakan untuk melihat kontak dan mengakses aplikasi, pengguna juga bisa membaca, maupun membalas pesan yang masuk pada aplikasi WhatsApp. Ini dimungkinkan karena pengguna diizinkan melakukan kostumisasi pada Edge panel. Selebihnya, masih banyak lagi aplikasi yang kompatibel dengan Edge panel, baik yang gratis maupun berbayar. Fitur menarik lainnya adalah hadirnya opsi Blue Light Filter pada menu notifikasi. Dengan begitu, pengguna tak lagi memasang aplikasi terpisah untuk bisa menikmati fitur tersebut. Blue Light Filter sendiri berfungsi untuk menghilangkan cahaya biru pada LCD sehingga layar lebih nyaman dilihat ketika masih ingin menggunakan smartphone menjelang tidur.