Software Lenovo K6 Note berjalan diatas sistem operasi Android Marshmallow 6.0.1 ketika keluar dari kotak yang membungkusnya. OS Android tersebut dibalut dengan Vibe Pure Skin. Skin tersebut masih menyisakan beberapa sudut dari stock Android, yang membuat kinerjanya terlihat sangat ringan. Lenovo memodifikasi sedikit OS tersebut dengan memberikan tweak yang menjadi fitur khas dari K6 Note. Salah satu fitur yang kami maksud adalah Quick Snap, fitur yang memungkinkan penggunanya untuk mengambil foto secara cepat dengan menekan tombol volume sebanyak dua kali dalam keadaan layar mati. Selain itu, terdapat fitur Knock to wake, Smart Scene, Wide Touch, Fingerprint snapo, VR Mode (dengan menekan tombol home beberapa detik), dan dual app profile yang memungkinkan Anda untuk menjalannya sebuah aplikasi dengan dua akun yang berbeda. Fitur-fitur tersebut memang sedikit rumit, namun akan sangat membantu ketika Anda telah terbiasa menggunakannya. Fitur lain yang disajikan oleh software K6 Note adalah Quick flashlight, Ultimat Power Saver dan juga Secure Zone Management.